As principais colecções que integram o acervo do museu são Arqueologia, Epigrafia, Arte Sacra, Pintura, Ourivesaria, Numismática, Mobiliário e Etnografia. O espólio do museu tem sido gradualmente enriquecido através de doações, legados e aquisições.
O Museu foi criado por Decreto Lei em 13 de Novembro de 1915 sob a designação de Museu Regional de Obras de Arte, Peças Arqueológicas e Numismática de Bragança. Em 1935, data da jubilação do Abade de Baçal, passa a designar-se Museu do Abade de Baçal, em homenagem ao erudito, investigador e também Director do Museu entre 1925 e 1935.
Revestiu-se de grande importância para o Museu a acção do Dr. Raul Teixeira, Director do Museu do Abade de Baçal entre 1935 e 1955. Grande impulsionador da cultura da região e defensor do seu património, que desempenhou um papel decisivo na projecção do Museu e na angariação de parte significativa do seu acervo, visando as excelentes relações que tinha junto dos meios culturais e artísticos da época.